La Scuola di Studi Internazionali è l'unica Graduate School in Italia a offrire dei corsi avanzati multidisciplnari successivi alla laurea triennale nel campo degli studi internazionali.
La Scuola organizza tre Lauree Magistrali: la Laurea Magistrale in Studi Europei e Internazionali (Master's Degree in European and International Studies - MEIS) e, con la Scuola Superiore Sant’Anna di Pisa, la Laurea Magistrale in Studi sulla Sicurezza Internazionale (Master's Degree in International Security Studies - MISS), e dal 2020/2021 l'International Master in Security, Intelligence and Strategic Studies (Erasmus Mundus), insieme a University of Glasgow (Regno Unito), Dublin City University (Irlanda), e Charles University di Praga (Repubblica Ceca).
Tutte le lauree si fondano sulle discipline che caratterizzano gli studi internazionali (economia, diritto, scienze politiche, sociologia, storia) e adottano un approccio inter- e multi-disciplinare. Le attività didattiche delle due lauree, così come della Scuola più in generale, sono interamente in lingua inglese.
Una più dettagliata illustrazione dei programmi è disponibile nella versione inglese del sito.